アフターエフェクトと

画像を編集する

フォトショップなど

を使っています

アフターエフェクト自体では絵はかけませんが、描いた絵に動きを絵につける事が出来ます。また画面内で色を連続的に変化させたりする作業を簡単につける事が出来ます。
主に商業アニメで使われているのはコチラ。

一つのソフトで作るならフラッシュ(アドビ社)でしょう。
フラッシュはイラレとアフターエフェクトの中間的な性質を持っています。このソフトは絵を書き動画を編集する事が出来ます。商業ではたまーに使ってる人が居るみたいです。

しかし個人での作品公開で有利なのは明らかにフラッシュです。
あと結局は線画を描く力必要なのはどっちのソフトでも全く変わらないのでソフトへの編集の対応は後からでも全然ｏｋとも言えます。

まずは価格と使いやすさですかね。
そして、機能が足りなくなったらアフターエフェクトに乗り換えると・・・。まぁ個人公開の領域ではフラッシュで足りない人なんて殆どいませんが・・